प्रधानमंत्री पद के लिए उन्हें विदेशी मूल की सोनिया स्वीकार नहीं हैं.यही मुद्दा फिर बीजेपी ने पकड़ा. जोरशोर से उठाया. 1999 के चुनाव में ही. 1998 का दिल्ली विधानसभा चुनाव हारकर सुषमा स्वराज ताजा-ताजा राष्ट्रीय राजनीति में वापस लौटी थीं. बताया गया कि सुषमा कर्नाटक की बेल्लारी सीट से चुनाव लड़ेंगी. सब दंग रह गए. क्योंकि यहीं से कांग्रेस अध्यक्ष सोनिया गांधी चुनाव लड़ने जा रही थीं. इस चुनाव को देसी बेटी बनाम विदेशी बहू कहा जाने लगा. सुषमा ने भी सोनिया के विदेशी मूल का मुद्दा खूब उठाया. हालांकि सुषमा ये चुनाव 56 हजार वोटों से हार गईं. मगर उनका कद बढ़ गया. वो अटल सरकार में मंत्री बनीं.

सुषमा स्वराज के नेतृत्व में बीजेपी 1998 का दिल्ली विधानसभा चुनाव हार गई थी.
समय बीता. 2004 के चुनाव में बीजेपी का इंडिया शाइनिंग का जहाज डूबा. कांग्रेस ने लोकसभा चुनाव में जीत दर्ज की. लगा कि सोनिया गांधी प्रधानमंत्री बनेंगी. इस पर सुषमा ने फिर एक बार मोर्चा संभाला. उन्होंने घोषणा की कि -
अगर सोनिया गांधी प्रधानमंत्री बनती हैं, तो वह अपने पद से त्याग पत्र दे देंगी और अपना सिर मुंडवाकर पूरा जीवन एक भिक्षुक की तरह बिताएंगी.शायद ही किसी नेता ने इससे पहले ऐसी घोषणा की होगी. हालांकि, सुषमा स्वराज को ऐसा कुछ नहीं करना पड़ा, क्योंकि सोनिया गांधी की जगह डॉ. मनमोहन सिंह को प्रधानमंत्री के रूप में चुना गया.
सितंबर 2013 में भी सुषमा स्वराज ने सोनिया गांधी के पीएम बनने के सवाल पर 2004 की तरह ही बात की थी. एक कार्यक्रम में सुषमा ने कहा-
मैंने हमेशा कहा है कि सोनिया गांधी हमारे देश में इंदिरा गांधी की पुत्रवधू और राजीव गांधी की पत्नी के रूप में आई थीं और इस प्रकार वह हमारे प्यार और स्नेह की हकदार हैं. कांग्रेस अध्यक्ष के रूप में वह हमारे सम्मान की हकदार हैं, लेकिन अगर वह प्रधानमंत्री बनना चाहती हैं, तो मैं नहीं कहूंगी.सुषमा ने आगे कहा था -
सुषमा स्वराज के निशाने पर रही हैं सोनिया गांधी.
देश लंबे समय तक विदेशी शासन के अधीन रहा और आजादी के लिए कई लोगों ने अपने जीवन का बलिदान दिया था. अगर 60 साल की आजादी के बाद, हम किसी विदेशी को शीर्ष पद पर बिठाते हैं, तो इसका मतलब यह होगा कि 100 करोड़ लोग अक्षम हैं. इससे लोगों की संवेदनशीलता प्रभावित होगी. यही कारण था कि मैंने 1999 में बेल्लारी से चुनाव लड़ा और यह मेरे लिए एक मिशन था. बेल्लारी में मैं लड़ाई हार गई, लेकिन युद्ध जीत गई.
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